Το 1991, η ομοσπονδιακή κυβέρνηση επέβαλε πρόστιμο στην Pfizer, ύψους τότε ρεκόρ 3,1 εκατομμυρίων δολαρίων για παραβίαση του νόμου περί καθαρού νερού στο πρώην εργοστάσιό της στο Easton της Πενσυλβάνια. Η Pfizer διοχέτευσε ανεπεξέργαστα βιομηχανικά απόβλητα στη μονάδα επεξεργασίας λυμάτων της Easton Area Joint Sewer Authority για μια περίοδο έξι ετών. Σύμφωνα με την EPA, οι ανεπεξέργαστες απορρίψεις της Pfizer ήταν υπεύθυνες για την αποτυχία της εγκατάστασης επεξεργασίας λυμάτων του Easton, και αυτό οδήγησε στην απόρριψη ελάχιστα επεξεργασμένων και ανεπεξέργαστων βιομηχανικών και οικιακών αποβλήτων στον ποταμό Delaware επί σειρά ετών.
Το 1992, η Pfizer συμφώνησε να καταβάλει μεταξύ 165 και 215 εκατομμυρίων δολαρίων για τον διακανονισμό αγωγών που προέκυψαν από τη θραύση της κυρτής καρδιακής βαλβίδας Bjork-Shiley Convexo-Concave, η οποία εκείνη την εποχή είχε οδηγήσει σε σχεδόν 300 θανάτους, ενώ μέχρι το 2012 είχε οδηγήσει σε 663 θανάτους.
Το 1994, η Pfizer συμφώνησε να καταβάλει 10,75 εκατομμύρια δολάρια για να διευθετήσει τις κατηγορίες του Υπουργείου Δικαιοσύνης ότι η εταιρεία είπε ψέματα για να λάβει ομοσπονδιακή έγκριση για μια μηχανική καρδιακή βαλβίδα που έσπασε, σκοτώνοντας εκατοντάδες ασθενείς παγκοσμίως. Στο πλαίσιο του διακανονισμού, η Pfizer συμφώνησε επίσης να καταβάλει 9,25 εκατομμύρια δολάρια τα επόμενα χρόνια για την παρακολούθηση των ασθενών που έλαβαν τη συσκευή σε νοσοκομεία της διοίκησης των βετεράνων ή να πληρώσει για την αφαίρεσή της. Η συμφωνία επικρίθηκε από ακτιβιστές για τα δικαιώματα των καταναλωτών, οι οποίοι προέτρεψαν τους κυβερνητικούς αξιωματούχους να ασκήσουν ποινικές διώξεις και άσκησαν πιέσεις για μια πιο αυστηρή αστική ποινή για την εταιρεία πολλών δισεκατομμυρίων δολαρίων, η οποία είχε συγκαλύψει τις ανησυχίες για την ασφάλεια, ακόμη και όταν η συσκευή σκότωνε ασθενείς.
Το 1996, η Pfizer χορήγησε ένα πειραματικό φάρμακο κατά τη διάρκεια μιας κλινικής δοκιμής σε 200 παιδιά στη Νιγηρία, αλλά δεν ενημέρωσε ποτέ τους γονείς ότι τα παιδιά τους ήταν υποκείμενα ενός πειράματος. Έντεκα από τα παιδιά πέθαναν και πολλά άλλα υπέστησαν παρενέργειες όπως εγκεφαλική βλάβη και ανεπάρκεια οργάνων. Μια έκθεση του υπουργείου Υγείας της Νιγηρίας κατέληξε στο συμπέρασμα ότι το πείραμα ήταν μια παράνομη δοκιμή ενός μη καταχωρημένου φαρμάκου?, μια ?σαφής περίπτωση εκμετάλλευσης των αδαών και μια παραβίαση της νιγηριανής και της διεθνούς νομοθεσίας. Η Pfizer δεν έλαβε συγκατάθεση ούτε ενημέρωσε τους ασθενείς ότι ήταν τα υποκείμενα ενός πειράματος και όχι οι αποδέκτες ενός εγκεκριμένου φαρμάκου.
Το 2002, η Pfizer συμφώνησε να καταβάλει 49 εκατ. δολάρια για να διευθετήσει τους ισχυρισμούς ότι η φαρμακευτική εταιρεία εξαπάτησε την ομοσπονδιακή κυβέρνηση και 40 πολιτείες χρεώνοντας υπερβολικά υψηλές τιμές για τη θεραπεία χοληστερόλης Lipitor. Οι πωλήσεις του Lipitor ανήλθαν σε 6,45 δισεκατομμύρια δολάρια το 2001.
Το 2004, η Pfizer συμφώνησε να ομολογήσει την ενοχή της σε δύο κακουργήματα και κατέβαλε 430 εκατομμύρια δολάρια σε ποινές για να διευθετήσει τις κατηγορίες ότι προωθούσε με δόλο το φάρμακο Neurontin για μη εγκεκριμένες χρήσεις. Η Pfizer συμφώνησε ότι προωθούσε επιθετικά το φάρμακο για την επιληψία με παράνομα μέσα για άσχετες παθήσεις, συμπεριλαμβανομένων της διπολικής διαταραχής, του πόνου, των πονοκεφάλων ημικρανίας και της στέρησης ναρκωτικών και αλκοόλ. Η τακτική της Pfizer περιελάμβανε την τοποθέτηση στελεχών της εταιρείας στο ακροατήριο σε εκδηλώσεις ιατρικής εκπαίδευσης και τη δωροδοκία γιατρών με πολυτελή ταξίδια.
Το 2008, οι New York Times δημοσίευσαν άρθρο με τίτλο. Οι ειδικοί συμπεραίνουν ότι η Pfizer χειραγώγησε τις μελέτες. Η Pfizer καθυστέρησε τη δημοσίευση αρνητικών μελετών, διαστρέβλωσε αρνητικά δεδομένα για να τα τοποθετήσει σε πιο θετικό φως και ήλεγχε τη ροή των δεδομένων κλινικών ερευνών προκειμένου να προωθήσει το φάρμακο επιληψίας Neurontin. Η Pfizer διέκοψε το πρόγραμμα εμπορίας του Neurontin το 2004, αφού το φάρμακο έγινε διαθέσιμο ως γενόσημο. Την ίδια χρονιά, η εταιρεία κατέβαλε 430 εκατομμύρια δολάρια για να διευθετήσει ομοσπονδιακές ποινικές και αστικές αξιώσεις ότι μία από τις θυγατρικές της είχε προωθήσει το φάρμακο για μη εγκεκριμένες χρήσεις.
Το 2009, η Pfizer τιμωρήθηκε με πρόστιμο ύψους 2,3 δισεκατομμυρίων δολαρίων, που ήταν τότε ο μεγαλύτερος διακανονισμός για απάτη στον τομέα της υγειονομικής περίθαλψης και το μεγαλύτερο ποινικό πρόστιμο που επιβλήθηκε ποτέ στις Ηνωμένες Πολιτείες. Η Pfizer δήλωσε ένοχη για την παραπλάνηση του παυσίπονου Bextra με πρόθεση εξαπάτησης ή παραπλάνησης, προωθώντας το φάρμακο για τη θεραπεία του οξέος πόνου σε δόσεις που ο FDA είχε προηγουμένως θεωρήσει επικίνδυνα υψηλές. Η κυβέρνηση ισχυρίστηκε ότι η Pfizer είχε καταβάλει μίζες σε συμμορφούμενους γιατρούς και προώθησε επίσης τρία άλλα φάρμακα παράνομα: το αντιψυχωσικό Geodon, ένα αντιβιοτικό Zyvox και το αντιεπιληπτικό φάρμακο Lyrica.
Το 2009, η Pfizer κατέβαλε 750 εκατομμύρια δολάρια για να διευθετήσει 35.000 ισχυρισμούς ότι το φάρμακό της, Rezulin, ήταν υπεύθυνο για 63 θανάτους και δεκάδες ηπατικές ανεπάρκειες. Η απόσυρση του Rezulin από την αμερικανική αγορά στις 21 Μαρτίου 2000 ακολούθησε διαπραγματεύσεις μεταξύ του παρασκευαστή του φαρμάκου και του FDA. Ανώτεροι αξιωματούχοι του FDA είχαν υποστηρίξει επί μακρόν το φάρμακο παρά τον αυξανόμενο αριθμό των θανάτων και την απουσία αποδεδειγμένων σωτήριων πλεονεκτημάτων του Rezulin. Η θέση των αξιωματούχων του FDA ερχόταν σε αντίθεση με τους ομολόγους τους στη Βρετανία, όπου το Rezulin καταργήθηκε από την 1η Δεκεμβρίου 1997.
Το 2010, η Pfizer καταδικάστηκε να καταβάλει αποζημίωση ύψους 142,1 εκατομμυρίων δολαρίων για παραβίαση του ομοσπονδιακού νόμου περί καταπολέμησης της εκβίασης με την δόλια πώληση και εμπορία του Neurontin για χρήσεις που δεν είχαν εγκριθεί από τον FDA. Οι ένορκοι διαπίστωσαν ότι η εμπορία του Neurontin από την Pfizer παραβίασε τόσο τον νόμο περί εκβιαστικής επιρροής και δωροδοκίας (RICO) όσο και τον νόμο περί αθέμιτου ανταγωνισμού της Καλιφόρνιας.
Το 2010, οι New York Times δημοσίευσαν άρθρο με τίτλο ?Η Pfizer δίνει λεπτομέρειες για τις πληρωμές προς τους γιατρούς. Η Pfizer παραδέχθηκε ότι κατέβαλε περίπου 20 εκατομμύρια δολάρια σε 4.500 γιατρούς και άλλους επαγγελματίες του ιατρικού κλάδου για συμβουλές και ομιλίες εκ μέρους της κατά τους τελευταίους έξι μήνες του 2009. Η Pfizer κατέβαλε επίσης 15,3 εκατομμύρια δολάρια σε 250 ακαδημαϊκά ιατρικά κέντρα και άλλες ερευνητικές ομάδες για κλινικές δοκιμές κατά την ίδια περίοδο. Οι γνωστοποιήσεις απαιτούνταν από συμφωνία που υπέγραψε η εταιρεία για να διευθετήσει ομοσπονδιακή έρευνα σχετικά με την παράνομη προώθηση φαρμάκων για χρήσεις εκτός επισήμανσης.
Το 2010, η Blue Cross Blue Shield κατέθεσε μήνυση κατά της Pfizer κατηγορώντας τον φαρμακευτικό κολοσσό ότι δωροδόκησε παράνομα 5.000 γιατρούς με πλούσιες διακοπές στην Καραϊβική, παιχνίδια γκολφ, μασάζ και άλλες ψυχαγωγικές δραστηριότητες προκειμένου να πείσει τους γιατρούς να χρησιμοποιήσουν το Bextra για χρήση εκτός επισήμανσης.
Το 2010, τηλεγραφήματα που διέρρευσαν μεταξύ της Pfizer και Αμερικανών αξιωματούχων στη Νιγηρία έδειξαν ότι η Pfizer είχε προσλάβει ερευνητές για να αποκαλύψουν στοιχεία διαφθοράς κατά του γενικού εισαγγελέα της Νιγηρίας, προκειμένου να τον εκβιάσει να αποσύρει τις νομικές αγωγές σχετικά με την αμφιλεγόμενη δίκη Trovan του 1996, η οποία αφορούσε παιδιά με μηνιγγίτιδα. Το 2009, η Pfizer συμφώνησε να καταβάλει 75 εκατομμύρια δολάρια στις οικογένειες που υπέστησαν ζημία κατά τη διάρκεια της δοκιμής του φαρμάκου το 1996, αλλά τα τηλεγραφήματα υποδηλώνουν ότι ο αμερικανικός κολοσσός του φαρμάκου αναζητούσε εκβιασμό για να πείσει τον γενικό εισαγγελέα της Νιγηρίας να αποσύρει την ομοσπονδιακή αγωγή ύψους 6 δισεκατομμυρίων δολαρίων κατά της Pfizer. Οι διαρροές έδειξαν ότι οι ερευνητές της Pfizer έδιναν επιζήμιες πληροφορίες στα τοπικά μέσα ενημέρωσης και απειλούσαν τον γενικό εισαγγελέα ότι θα έβγαιναν στη φόρα πολύ πιο επιζήμιες πληροφορίες αν δεν απέσυρε την αγωγή. Η αγωγή ύψους 6 δισεκατομμυρίων δολαρίων αποσύρθηκε το 2009.
Το 2012, η Επιτροπή Κεφαλαιαγοράς κατηγόρησε την Pfizer Inc. για παραβίαση του νόμου περί πρακτικών διαφθοράς στο εξωτερικό (FCPA), όταν οι θυγατρικές της δωροδοκούσαν γιατρούς και άλλους επαγγελματίες υγείας που απασχολούνταν από ξένες κυβερνήσεις στη Βουλγαρία, την Κίνα, την Κροατία, την Τσεχική Δημοκρατία, την Ιταλία, το Καζακστάν, τη Ρωσία και τη Σερβία, προκειμένου να κερδίσουν δουλειές. Σύμφωνα με την SEC, υπάλληλοι των θυγατρικών της Pfizer ενέκριναν και έκαναν πληρωμές σε μετρητά και παρείχαν άλλα κίνητρα για να δωροδοκήσουν κυβερνητικούς γιατρούς ώστε να χρησιμοποιούν τα προϊόντα της Pfizer.
Το 2012, η Pfizer είχε καταβάλει 1,2 δισεκατομμύρια δολάρια για να διευθετήσει αποζημιώσεις απο σχεδόν 10.000 γυναικών ότι το φάρμακο της για τη θεραπεία ορμονικής υποκατάστασης, Prempro, προκάλεσε καρκίνο του μαστού. Οι διακανονισμοί για το Prempro έρχονται μετά από έξι χρόνια δίκης, κατά την οποία σε αρκετές ενάγουσες επιδικάστηκαν δεκάδες εκατομμύρια δολάρια, συμπεριλαμβανομένης της τιμωρητικής αποζημίωσης για τις ενέργειες της φαρμακοβιομηχανίας που απέκρυψε πληροφορίες σχετικά με τον κίνδυνο καρκίνου του μαστού από το Prempro.
Το 2013, η Pfizer συμφώνησε να καταβάλει 55 εκατομμύρια δολάρια για να διευθετήσει ποινικές κατηγορίες για την παράλειψη προειδοποίησης ασθενών και γιατρών σχετικά με τους κινδύνους νεφροπάθειας, νεφρικής βλάβης, νεφρικής ανεπάρκειας και οξείας διάμεσης νεφρίτιδας που προκαλούσε ο αναστολέας αντλίας πρωτονίων, Protonix.
Το 2013, η Pfizer διέθεσε 288 εκατομμύρια δολάρια για να διευθετήσει τις καταγγελίες 2.700 ατόμων ότι το φάρμακό της, Chantix, προκάλεσε αυτοκτονικές σκέψεις και σοβαρές ψυχολογικές διαταραχές. Ο FDA διαπίστωσε ότι το Chantix πιθανώς συνδέεται με υψηλότερο κίνδυνο καρδιακής προσβολής.
Το 2014, η Pfizer κατέβαλε 35 εκατομμύρια δολάρια για να διευθετήσει αγωγή που κατηγορούσε τη θυγατρική της ότι προωθούσε το φάρμακο για μεταμόσχευση νεφρού, Rapamune, για μη εγκεκριμένες χρήσεις, συμπεριλαμβανομένης της δωροδοκίας γιατρών για να το συνταγογραφούν σε ασθενείς. Σύμφωνα με τον Γενικό Εισαγγελέα της Νέας Υόρκης Eric Schneiderman, ο οποίος ηγήθηκε της έρευνας, η Wyeth έπεισε τους γιατρούς να προωθήσουν το φάρμακο για μη εγκεκριμένες χρήσεις, βασιζόμενη σε παραπλανητικές παρουσιάσεις δεδομένων.
Το 2016, η Pfizer τιμωρήθηκε με πρόστιμο ρεκόρ 84,2 εκατομμυρίων λιρών για την υπερτιμολόγηση του NHS για το φάρμακο κατά της επιληψίας, τη φαινυτοΐνη, κατά 2.600 τοις εκατό (από 2,83 σε 67,50 λίρες ανά κάψουλα), αυξάνοντας το κόστος για τους φορολογούμενους του Ηνωμένου Βασιλείου από 2 εκατομμύρια λίρες το 2012 σε περίπου 50 εκατομμύρια λίρες το 2013.
